這是一個複雜的問題，答案並非絕對，而是取決於多種因素，包括：

公司的管理程度
知情與否： 若公司高層或相關管理人員知悉員工使用非法軟體，卻未採取任何措施，公司將承擔較高的法律責任。
管理措施： 若公司已制定相關規範並執行，但員工仍違規，公司的責任相對較輕。
軟體的使用目的：
若員工使用非法軟體是為了完成公司交付的任務，公司可能被認為是間接縱容，而承擔連帶責任。
若員工使用非法軟體僅為個人目的，公司的責任則相對較小。
公司的產業別與規模：
對於科技產業或規模較大的公司，社會大眾對其的法律遵循要求更高。
相關法律規定：各國對於著作權侵害的法律規定不盡相同，具體責任歸屬需依據相關法律進行判斷。

公司可能面臨的風險
民事責任：
賠償軟體商的損失。
賠償客戶因軟體問題所造成的損失。
刑事責任：
公司負責人或相關人員可能面臨刑罰。
商譽損失：
公司形象受損，可能導致客戶流失。

公司應如何應對
加強員工教育訓練： 讓員工了解使用非法軟體的法律風險，並建立良好的知識產權觀念。
制定明確的IT使用政策： 規範員工的網路使用行為，並定期更新。
加強網路監控： 透過防火牆、入侵偵測系統等技術手段，監控網路流量，及早發現異常行為。
建立舉報機制： 鼓勵員工舉報違規行為，並提供匿名舉報管道。
定期進行軟體合規性檢查： 確保公司使用的軟體皆為合法授權。

結論
雖然員工的行為是個人行為，但公司作為管理主體，有責任監督員工的行為，並採取措施防止違法行為發生。若公司未盡到管理義務，可能面臨法律責任。因此，公司應建立完善的內部控制機制，以降低法律風險。